# I am Doing Something Wrong But Don't Know What?

• 04-14-2008, 05:48 PM
BHCluster
I am Doing Something Wrong But Don't Know What?
What I am trying to do is to implement the Hierarchical Clustering algorithm with UPGMA (Average distance between clusters) and various distance metrics (Pearson, Manhattan).
The results required: plot of data in experiment space showing the clustering according to the various distance metrics and a text file with gene clustering using the notation: (A, ((B,C),D)) meaning B & C are closest and then D etc...
The code that I have compiles but I can't run it if you know what I am doing wrong please help. The code is below:

Code:

```import java.io.*; class Numbers         { public static void Manhattan(double[][] a,double[][] b,int n,int n2)   {     int q=n2;     int c=n;     for(int m=0;m<q;m++)     {       for(int h=0;h<q;h++)       {         double d=0;         double d2=0;         for(int j=0;j<c;j++)         {           d2=a[m][j]-a[h][j];           if(d2<0)           d2=d2*-1;           d=d+d2;           }         b[m][h]=d;       }     }   } public static void main(String[] args)         { double x1=0; double x2; double x3; double y; double y1=0; double y2=0; double y3=0; double z=0; double z1=0; double z2=0; double z3=0; double total=0; /*x=x1; y=x2;*/ z=3-2; z1=0; if(z1<0) {         z1=z1*-1; } else { total=z1+z2+z3; } String[] s2=new String [9]; BufferedReader inFile; try{  inFile=new BufferedReader(new FileReader("Data_Set_1.txt")); String s=inFile.readLine(); for (int i=1;i<61;i++) { s2=s.split(" "); } } catch(Exception e){}                 System.out.println();         }         }```
Below is the Data_Set_1.txt
Code:

```Gene Number        Gene Name        Experiment 1        Experiment 2        Experiment 3 1        Y1        -9.30        5.65        -5.02 2        Y2        -4.10        5.68        0.56 3        Y3        4.75        0.11        2.86 4        Y4        -1.54        -10.01        -1.99 5        Y5        -6.29        5.62        -2.78 6        Y6        -13.02        1.31        1.61 7        Y7        -5.85        3.79        -6.56 8        Y8        -12.71        -0.45        0.62 9        Y9        -3.05        -12.65        -5.07 10        Y10        2.18        -5.82        -9.73 11        Y11        1.74        -0.99        -3.66 12        Y12        -7.88        0.93        -8.33 13        Y13        -6.34        -1.85        -4.00 14        Y14        -0.71        -2.64        -5.64 15        Y15        2.77        -4.16        -3.83 16        Y16        -0.25        0.58        0.77 17        Y17        2.52        -5.80        -8.80 18        Y18        5.53        -9.11        -1.92 19        Y19        6.63        2.53        7.94 20        Y20        -7.11        8.09        -6.47 21        Y21        -0.30        -6.18        -6.25 22        Y22        -0.33        4.58        -8.32 23        Y23        -2.39        1.44        3.94 24        Y24        7.70        9.39        4.73 25        Y25        4.89        -6.17        6.98 26        Y26        6.05        -6.54        -1.94 27        Y27        6.78        7.83        -7.72 28        Y28        4.86        2.31        2.33 29        Y29        6.93        3.95        10.61 30        Y30        0.04        -7.31        -1.49 31        Y31        -4.78        3.41        10.69 32        Y32        5.55        -6.48        -0.56 33        Y33        -3.18        -4.32        -3.32 34        Y34        3.67        -9.79        -13.03 35        Y35        -11.01        -3.69        -5.13 36        Y36        -2.24        -2.19        -12.74 37        Y37        8.84        2.10        1.28 38        Y38        0.69        7.11        -5.35 39        Y39        -9.19        -6.10        -11.01 40        Y40        2.37        6.58        2.67 41        Y41        6.40        6.03        3.58 42        Y42        -0.54        -1.32        -0.69 43        Y43        -0.45        0.01        -0.25 44        Y44        0.52        0.96        0.28 45        Y45        0.86        1.07        0.96 46        Y46        -0.47        -1.36        -0.81 47        Y47        -0.64        -1.47        -0.32 48        Y48        0.34        -0.47        0.46 49        Y49        -0.27        -0.62        -0.43 50        Y50        -0.49        -0.22        -0.01 51        Y51        -9.80        2.34        -5.95 52        Y52        6.74        -8.43        4.21 53        Y53        -7.60        -6.57        -5.13 54        Y54        -6.53        -2.55        -13.86 55        Y55        -3.82        7.12        -11.45 56        Y56        5.49        -7.60        0.40 57        Y57        6.95        -2.61        -5.14 58        Y58        0.21        -6.98        0.84 59        Y59        1.65        3.77        3.33 60        Y60        6.16        3.25        -14.31```
I would appreciate greatly any help I get.
• 04-14-2008, 05:59 PM
Java Tip
Quote:

The code that I have compiles but I can't run it if you know what I am doing wrong please help.
What is the result? What do you mean with "i cant run it"?
• 04-14-2008, 06:02 PM
BHCluster
When I go jav numbers it doesn't run!
• 04-16-2008, 01:16 PM
sukatoa
take a look at your class that holds the main method, is it a public?

regards,
sukatoa